Dlhotrvajúci príjem fruktózy u ľudí s fruktózovou intoleranciou môže viesť k vážnemu poškodeniu pečene a obličiek. Keď organizmus nedokáže rozložiť prijatú fruktózu, nespracovaná odchádza do hrubého čreva, kde spôsobuje nafukovanie, kŕče, bolesti brucha, nevoľnosť, hnačky, zápchu, pálenie záhy a podobne. Z hľadiska kumulatívnych diagnóz je fruktózová intolerancia nebezpečná v tom, že sa často môže vyskytovať pri iných chronických tráviacich ochoreniach so zameniteľnými príznakmi. Z tohto hľadiska je presná diagnostika veľmi dôležitá.